标题：Applyingthepathogen-targetednext-generationsequencingmethodtopathogenidentificationincerebrospinalfluid
作者：DaiquanGao1^,YongqiangHu2^,XuebinJiang3^,HaoPu4^,ZhendongGuo4^,YunzhouZhang1^
杂志：AnnalsofTranslationalMedicine
IF：3.
文献导读
脑膜炎，尤其是急性脑膜炎，在临床上，大约50%的患者因未能及时诊断导致患者预后不佳。脑膜炎常见的原因的主要是病*感染，其次是细菌感染。真菌和寄生虫感染很少引起脑膜炎，非感染性原因，如化学反应、药物过敏、癌症和炎症性疾病（如结节病）也可引起脑膜炎。
脑膜炎的检测方法主要有脑脊液培养，但敏感性较低，本研究将ptNGS和mNGS分别与常规测试结果进行对比，然后对基于NGS平台的ptNGS和mNGS技术进行横向对比。该项目是第一个将ptNGS应用于中枢神经系统感染患者脑脊液病原诊断的项目。结果显示ptNGS相对于mNGS具有诸多优势，包括敏感性、及时性和经济性，这些都是临床应用中需要考虑的重要因素。
01研究方法：
采用tNGS和mNGS两种方法检测了38例(ID:24例;NID14例)经传统方法诊断为脑膜炎患者的CSF样本,对两种检测方法的性能做出评价与分析。02研究结果：
1、ptNGS和mNGS的一致性比较，如表格1所示：
2、ptNGS和mNGS的诊断性能比较：
1）ID组ptNGS检测阳性率高于mNGS检测阳性率；NID组中阳性率相当。如下图1所示：
2）ptNGS的敏感性高于mNGS（70.8%vs.41.7%），而mNGS的特异性高于ptNGS（78.6%vs.64.3%）。如下表2所示：
3）ptNGS和mNGS的技术优势比较：ptNGS可以在拷贝数水平上对病原体进行量化，而mNGS只能进行相对量化。ptNGS可以检测每毫升脑脊液样本50个病原体拷贝，而mNGS的检测限取决于样本的环境，如下表3所示：
ptNGS相对于mNGS有很多优势，包括灵敏度、时效性和经济性，这些都是临床应用中通常考虑的。
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